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在標準物質保存中，部分使用者存在一個錯誤的認識，認為溫度越低越好，所有標準物質都放到冰箱冷藏甚至冷凍，然而事實并非如此，這樣做確實能夠保證組分不分解，但低溫使得化合物的溶解度降低，因而導致常溫下就難溶解的化合物在低溫下長時間放置時析出晶體，而且一旦析出晶體很難再溶解，例如十氯聯苯、乙體六六六和十溴二苯醚，如以異辛烷做溶劑，標準物質的濃度在10μg/mL時，如放在冰箱冷藏，就會析出晶體。

因此，標準物質應嚴格按照證書要求保存，標準物質的保存條件是在穩定性研究中確定的，而標準物質的使用條件，如溫度、配制方法、干燥方法、水分校正方法、混勻方法等，則是標準物質定值過程嚴格確定和遵守的，不按照規定使用和保存會導致標準物質的量值不再有效，測量結果與標準值相比較出現偏差。